Jacques van Helden - curriculum vitae

Adresse

Courriel: Jacques.van-Helden@univ-amu.fr
Page web: http://jacques.van-helden.perso.luminy.univ-amu.fr/
Université d'Aix-Marseille (AMU)
Lab. Technological Advances for Genomics and Clinics (TAGC)
Unité INSERM U1090, 163, Avenue de Luminy, 13288 MARSEILLE cedex 09. France.
Tél: +33 4 91 82 87 49
Fax: +33 4 91 82 87 01


Résumé

Né en 1965 à Bruxelles (Belgique), j’ai obtenu en 1987 le diplôme d’ingénieur agronome à l’Université Libre de Bruxelles. Durant ma thèse de doctorat, j’ai étudié le rôle de la régulation mutuelle des gènes achaete et scute durant le développement du système nerveux périphérique de la drosophile. Depuis ma thèse, mes recherches ont consisté à concevoir, développer, évaluer et appliquer des approches bioinformatiques pour analyser les séquences régulatrices et les réseaux de régulation.

En 1997, j’ai démarré ma carrière de bioinformaticien à l’occasion d’un séjour postdoctoral dans le groupe de Julio Collado-Vides (UNAM, Cuernavaca, Mexique), durant lequel j’ai développé des approches spécialisées pour l’analyse des séquences cis-régulatrices. Depuis lors, l’analyse de la régulation des génomes est devenu mon champ principal d’investigation. Ces développements ont constitué la base de la suite logicielle Regulatory Sequence Analysis Tools (RSAT; http://www.rsat.eu/), qui a été accessible aux académiques depuis 1998.

En 1998, j’ai rejoint le groupe de Shoshana Wodak à l’Institut Européen de Bioinformatique (EBI, Hinxton, UK), où j’ai développé des approches bioinformatiques s’appuyant sur la théorie des graphes (recherche de chemins, extraction de sous-graphes) pour inférer les voies métaboliques à partir de groupes de gènes fonctionnellement liés (opérons, groupes de co-expression, groupes de synténie, …). J’ai poursuivi le projet dans le groupe de Shoshana Wodak ) l’Université Libre de Bruxelles (ULB) en 1999. Le projet a ensuite été amplifié par mes propres doctorants, et a donné naissance aux Network Analysis Tools (NeAT; http://neat.rsat.eu/), une suite logicielle spécialisée pour l’analyse des réseaux biomoléculaires (réseaux de régulation, métaboliques, interactomes).

En 2003, j’ai été recruté comme enseignant-chercheur titulaire à l’Université Libre de Bruxelles. En 2007, j’ai pris la direction du Service de Bioinformatique des Génomes et des Réseaux (BiGRe). En 2011, j’ai quitté l’ULB pour m’installer à l’Université d’Aix-Marseille (AMU, France).

Mes domaines d’enseignement incluent la bioinformatique, l’analyse des génomes, l’analyse des réseaux, l’analyse des séquences régulatrices, les statistiques pour la bioinformatique, et un cours « biologie et société ».


Formation

  1. 1987: Ingénieur agronome , orientation: zoologie appliquée. Université Libre de Bruxelles - Belgique. Mention: grande distinction.
  2. 1995: Docteur en Sciences Agronomiques. Université Libre de Bruxelles - Belgique. Mention: la plus grande distinction .

Postes académiques

  1. Depuis Novembre 2011: Professeur à l'Université d'Aix-Marseille (AMU).
  2. Septembre 2010 - Octobre 2011: Professeur à l'Université Libre de Bruxelles (Bruxelles - Belgique).
  3. Juin 2007 - Octobre 2011: Directeur du Laboratoire de Bioinformatique des Génomes et des Réseaux (BiGRe), Université Libre de Bruxelles, Belgique
  4. Septembre 2003 - Août 2010: Chargé de cours à l'Université Libre de Bruxelles (Bruxelles - Belgique), (note: en Belgique, le titre de "chargé de cours" correspond à un poste d'enseignant-chercheur à titre définitif, et non au poste de vacataire que ce terme désigne en France).
  5. 1999-2003: Chercheur à l'Université Libre de Bruxelles (Bruxelles - Belgique), Service de Conformation des Macromolécules Biologiques et de Bioinformatique. Directrice: Shoshana Wodak. Thème de recherche: développement d'aMAZE, une base de données de fonctions protéiques et de voies biochimiques.
  6. 1998-99: Postdoctorat à l'Institut Européen de Bioinformatique (EBI - Cambridge - UK). Directrice: Shoshana Wodak. Thème de recherche: développement d'aMAZE, une base de données de fonctions protéiques et de voies biochimiques.
  7. 1997: postdoctorat au Centro de Investigación sobre la Fijacion de Nitrógeno (CIFN) de l'Université Nationale Autonome de Mexico (Cuernavaca - Mexico), Laboratorio de Biologia Computacional (Directeur: Julio Collado-Vides). Thème de recherche: développement de programmes pour l'analyse des séquences régulatrices chez la levure Saccharomyces cerevisiae.
  8. 1995-96: Postdoctorat à l'Université de Montpellier II (Montpellier - France), Service de Neurogénétique du Développement (Directeur: Christine Dambly-Chaudière). Thème: installation d'un système d'imagerie microscopique, et développement de routines d'analyse d'image.
  9. 1995: Doctorat en Sciences Agronomiques à l'Université Libre de Bruxelles (Belgique), Service de Neurobiologie. Directeur de thèse: Alain Ghysen. Thème de recherche: Analyse fonctionnelle du complexe génique achaete-scute chez Drosophila melanogaster.
  10. 1989: bourse de recherche à l'Université Agronomique de Wageningen (Pays-Bas). Directeur: Huug Schoneveld. Thème de recherche: immunocytochemical localisation of FMRF-like neuropeptides in the Colorado Beetle Leptinotarsa decemlineata.
  11. 1987: Mémoire de fin d'études (Université Libre de Bruxelles, Laboratoire de Biologie Animale et d'Histologie Comparée). Directeur de mémoire: Jacqueline Naisse. Thème de recherche: Relation plante-insecte au niveau du métabolisme des phytostérols et des ecdystéroides: action de 3 inhibiteurs de la biosynthèse des stérols.

Mobilité

  1. 2010-2011: Professeur invité
  2. 2009-201: Professeur invité à l'Université Pierre et Marie Curie, Paris, France (12h de cours par an).
  3. Depuis 2005: Professeur invité dans le cadre de la Licenciatura en Ciencias Genomicas (Cuernavaca, Mexique). Je donne chaque année un cours sur l'analyse des séquences régulatrices (8h théorie + 8h travaux pratiques).
  4. Septembre 2009 - Septembre 2010. Année sabbatique (détachement) à l'Université de Marseille - Méditerrannée, Unité TAGC-Technological Advances for Genomics and Clinics.
  5. Septembre - Décembre 2006: séjour sabbatique au Centro de Ciencias Genomicas (Cuernavaca - Mexico). Collaboration avec Julio Collado-Vides, sur l'analyse de la régulation bactérienne.
  6. 2003 (mi-temps, 8 mois): Chercheur à l'Institut de Recherche interdisciplinaire (IRI, Lille - France). Thème de Recherche: analyse bioinformatique des réseaux de régulation.

Publications

58 publications dans des revues scientifiques internationales avec comité de lecture + 9 chapitres de livres publiés sur invitation + édition d'un volume collectif.

Liste détaillée des publications: jacques.van-helden.perso.luminy.univ-amu.fr/publications_JvH.html


Conférences et séminaires

Liste détaillée des conférences et séminaires: jacques.van-helden.perso.luminy.univ-amu.fr/conferences_JvH.html


Direction de thèses et mémoires

Liste détaillée des thèses supervisées: jacques.van-helden.perso.luminy.univ-amu.fr/thesis_supervision_JvH.html


Projets collaboratifs

En cours

  1. ORICHOICE (2014-2018). Appel à projets génériques, funded by Agence Nationale de la Recherche (France). Topics: Replication origins in the control of genomic stability and cell identity. Coordinator: Marcel Mechali.
  2. France Génomique WP2.6 (2014-2015). Infrastructure funded by France Génomique. Topics: Regulation of gene expression.
  3. AMIDEX (2014-2016). AMIDEX funded by Aix-Marseille Université. Topics: Hox-mediated control of autophagy : from fundamental towards biomedical. Coordinator: Yacine Graba (Aix-Marseille Université - France).

Projets passés

  1. SEQAHEAD (2011-2014). COST action. Financement EU FP7. Sujet: Réseau d'analyse des données de "Next Generation Sequencing". Partenaires: (Institutions from 16 European countries - Europe).
  2. ALLBIO (2011-2014). Bioinformatics infrastructure network. Financement EU FP7. Sujet: Elargissment de l'infrastructure bioinformatique aux unicellulaires, anmaux et plantes. Partenaires: 10 EU countries (Institutions from 10 European countries - Europe).
  3. MICROME (2009-2013). Large-scale collaborative project (EU FP7). Financement EU FP7. Sujet: Projet MICROME - Un environnement bioinformatique pour l'annotation des voies métaboliques microbiennes. Partenaires: 14 European laboratories (14 European institutions - Europe).
  4. ALL-Net (2009-2013). Télévie. Financement FNRS - Communauté Francophone de Belgique. Sujet: Perturbations des réseaux interactomiques dans la leucémie lymphoblastique aigue. Partenaires: Jean-Claude Twizere (Université Catholique de Louvain - Belgique).
  5. Ebiomics (2009-2011). Lifelong Learning Programme Erasmus Multilateral projects Virtual Campuses. Financement EU FP7. Sujet: eBioMics - apprentissage virtuel de la bioinformatique pour les applications "omiques". Partenaires: (Wageningen University (WUR); Swiss Institute for Bioinformatics (SIB) - Europe).
  6. BioMaGNet (2006-2011). Pôle d'Attraction Inter-Universitaire. Financement Belgian Scientific Policy (BELSPO). Sujet: Bioinformatique et modélisation: des génomes aux réseaux. Partenaires: Bart de Moor, Yves Moreau, Kathleen Marshal, Yves Vandepeer, Pierre Rouzé, Albert Goldbeter, Louis Wehenkel, Rodolphe Sépulchre (Katholieke Universiteit Leuven, Université Libre de Bruxelles, Universiteit Gent, Université de Liège - Belgique).
  7. ARC levures (2004-2009). Actions de Recherches Concertées. Financement Communauté Française de Belgique. Sujet: Integration d'approches exprérimentales et théoriques pour décrypter les réseaux moléculaires d'utilisation de l'azote chez la levure. Partenaires: Bruno André, Gianluca Bontempi & Marcelline Kaufman (Université Libre de Bruxelles - Belgique).
  8. BioSapiens (2004-2008). Network of Excellence (EU FP6). Financement EU FP6. Sujet: Developpement d'un réseau européen de ressources bioinformatiques pour l'analyse du génome humain et d'organismes modèles. Partenaires: 31 laboratories (24 European institutions - 15 european countries).
  9. TransMaze (2006-2008). Réseaux II. Financement Région Wallonne de Belgique. Sujet: Outils logiciels d’analyse de transduction de signal. Partenaires: Yves Deville (Université Catholique de Louvain - Belgique).


Enseignement

Matières enseignées

Liste complète des cours dispensés

Liste des cours dispensés par le passé: jacques.van-helden.perso.luminy.univ-amu.fr/teaching.html


Activités de référé

Revues scientifiques

Institutions de financement de la recherche

Membre de comités

Evaluation de projets de recherche

Conférences


Conception et implémentation de logiciels

Réalisations en programmation

Réalisations passées