Conferences / Conférences

As keynote speaker

  1. 2016 Oct. Reproducibility, standards and SOP in bioinformatics, Combined CHARME – EMBnet and NETTAB 2016 Workshop, Roma, Italy.Ensuring reproducibility and portability of NGS analysis workflows. keynote speaker
  2. 2015 Oct. IB2 Student day, Interuniversity Institute of Bioinformatics in Brussels, Brussels, Belgium.A motif perspective on genomic regulation with Next Generation Sequencing data (opening lecture). Keynote speaker
  3. 2015 Oct. IB2 Student day, Interuniversity Institute of Bioinformatics in Brussels, Brussels, Belgium.Taming that fickle p-value (closing lecture). Keynote speaker
  4. 2009 May. Journées de Biologie, Université de Boumerdes, Boumerdes, Algérie.Ce que nous enseigne l’analyse des génomes au sujet de l’évolution. Keynote speaker
  5. 2005 Jul. JOBIM 2005, Lyon, France.Prediction of regulatory elements in non-coding sequences : Evaluation of pattern discovery results in microbes and higher organisms. Keynote speaker
  6. 2003 Jan. Conférence des directeurs d’unité INSERM, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale, Paris, France.Approches mathématiques et informatiques pour l’interprétation les données du transcriptome et du protéome. Keynote speaker
  7. 2002 Jun. JOBIM - Satellite meeting on transcriptional regulation, Saint Malo, France.Gene classification on the basis of upstream motifs. Keynote speaker

As invited speaker

  1. 2015 Jun. BC2 Basel Computational Biology Conference, WS4: Beyond Position weight matrices – towards next generation tools for predicting protein-DNA interactions, BC2, Basel, France.What’s wrong with Position-Specific Scoring Matrices?. Invited speaker
  2. 2014 Sep. Microbial Bioinformatics, France Génomique, Paris, France.Accessibilité et interopérabilité d’outils et ressources bioinformatiques pour la microbiologie. Invited speaker
  3. 2013 Dec. Bacterial functional and evolutionary genomics -Thematic day on microbial genomics, Institut Pasteur, Paris, France.Comparative genomics approaches to infer bacterial metabolism, regulation and evolution. Invited speaker
  4. 2011 Mar. Bioinformatics and High Throughput Sequencing - 2011, Institut Pasteur, Paris, France.RSAT peak-motifs: fast extraction of transcription binding motifs from full-size ChIP-seq datasets. Invited speaker
  5. 2010 Nov. Privacy and Scientific Research : from Obstruction to Construction, Privacy Commission Belgium, Bruxelles, Belgium.New models of genetic research and new privacy challenges at the era of personal genomics. Invited speaker
  6. 2010 Sep. ECCB 2010 - 9th European Conference on Computational Biology, Universiteit Gent, Gent, Belgium.Tutorial - Current methods and applications for regulatory sequence analysis. Invited speaker
  7. 2010 May. Modelling Complex Biological Systems in the Context of Genomics, Genopole, Evry, France.Between facts, myths and dogmas - finding relevant paths in metabolic networks. Invited speaker
  8. 2009 Oct. BioMagnet annual meeting, Universiteit Gent, Gent, Belgium.The powerful law of the power law and other myths in network biology. Invited speaker
  9. 2009 Jan. Bioinformatique de Plasmodium falciparum, Museum d’Histoire Naturelle, Paris, France.Découverte de signaux cis-régulateurs dans les séquences génomiques de Plasmodium. Invited speaker
  10. 2008 Sep. New ideas for an old family: Heat Shock Factors at crossroads between stress, epigenetics and development, Conférence Jacques Monod:, Roscoff, France.Bioinformatics approaches for the detection of HSF binding sites in genomic sequences.. Invited speaker
  11. 2007 Sep. XIVe Rencontre de la Société francophone de classification, Ecole nationale supérieure des télécommunications , Paris, France.Classification de séquences génomiques sur base d’occurrences de motifs de régulation. Invited speaker
  12. 2004 Jul. Dagstuhl Seminars - Integrative Bioinformatics - Aspects of the Virtual Cell, Schloss Dagstuhl, Wadern, Germany.Predicting Gene Regulation by the Analysis of Non-Coding Sequences. Invited speaker
  13. 2003 Nov. Biotecnologia Habana 2003, La Havana, Cuba.Statistical analysis of non-coding sequences. Invited speaker
  14. 2002 Sep. Avances laboratoriales en Biologia molecular y Oncologia, Sociedad de Bioquimica Clinica, Cochabamba, Bolivia.Analisis bioinformatico de datos de expresion genomica. Invited speaker
  15. 2002 Apr. EMBO conference - Prokaryotes in the Third Millenium, EMBL, Heidelberg, Germany.Analysing and predicting metabolic pathways on the basis of genomic and functional genomic data. Invited speaker
  16. 2001 Jul. HPNC conference, Universiteit van Amsterdam, Amsterdam, The Netherlands.Representing and analyzing biological function with aMAZE, a database of molecular interactions and processes. Invited speaker
  17. 2001 Jun. ISMB, Biopathway Consortium satellite meeting, Copenhagen, Denmark.Representing and analyzing biological function with aMAZE, a database of molecular interactions and processes. Invited speaker
  18. 1998 Mar. International Workshop on the Linguistics of Biology and the Biology of Language, Cuernavaca, Mexico.Word frequency analysis, if appropriately calibrated, allows to extract regulatory sites from yeast upstream sequences. Invited speaker

Oral presentation

  1. 2000 May. JOBIM - Journées Ouvertes : Biologie, Informatique et Mathématiques, Montpellier, France.Application de l’analyse des mots et de l’analyse des graphes à l’interprétation des données d’expression génomique. Oral presentation
  2. 2000 Apr. Belgian Bioinformatics Conference, Bruxelles, Belgium.Graph-based tools for analysing biochemical pathways. Oral presentation
  3. 1999 May. XIXth International Conference on Yeast Genetics and Molecular Biology., Rimini, Italy.Computational Analysis of Yeast Regulatory Sequences. Oral presentation
  4. 1998 Jun. Modelling and simulation of gene regulation and metabolic pathways, Daghstuhl, Germany.A web site for computational analysis of yeast regulatory sequences. Oral presentation
  5. 1998 Apr. EUROFAN, The Netherlands.A web site for the analysis of upstream regions from the yeast Saccharomyces cerevisiae. Oral presentation
  6. 1996 Sep. Annual meeting of the Society for Mathematical Biology, Seattle, USA.Pattern formation and feedback loops. Oral presentation

Workshops / Ateliers thématiques

  1. 2014 Apr. Models, epigenetics and evolution, EpiGeneSys EU Network of excellence, Paris, France.Analyzing the interplay between genetic and epigenetic regulation with ChIP-seq data. Invited speaker
  2. 2014 Mar. Assessment of training methods in NGS data analysis , Fundação Calouste Gulbenkian, Lisboa, Portugal.Including workflow design and analysis of participant’s data in NGS training. Invited speaker
  3. 2013 Oct. Advanced Bioinformatics Workshop: “Metagenomics and Next generation sequencing”, Biosciences eastern and central Africa-International Livestock Research Institute (BecA-ILRI), Nairobi, Kenya.Discovering motifs in cis-regulatory regions. Invited speaker
  4. 2013 Oct. MICROME training workshop, EBI, Hinxton, UK.Predicting operons, regulons and metabolic pathways from bacterial genomes. Invited speaker
  5. 2013 Jan. Ecole de bioinformatique AVIESAN, ITMO Génétique, Génomique et Bioinformatique d’AVIESAN, Roscoff, France.Detecting motifs in ChIP-seq peaks. Invited speaker
  6. 2012 Dec. ALLBIO workshop, ALLBIO EU project, Milano, Italy.Analysis of study cases for bioinformatics. Invited speaker
  7. 2012 Sep. High Throughput Epigenomics - 5th Bioinformatics Workshop Cancéropôles CLARA – PACA – GRAND EST, Cancéropole, Lyon, France.Motif‐Based Evaluation of ChIP‐seq Peak Quality. Invited speaker
  8. 2012 Sep. ECCB Workshop: Predictions of damaging variation within transcription factor binding sites using full genome sequencing analyses., ECCB, Basel, Switzerland.RSAT peak-motifs: fast extraction of transcription factor binding motifs from full-size ChIP-seq datasets. Invited speaker
  9. 2012 Jul. Winter School in Mathematical and Computational Biology, ARC Centre of Excellence in Bioinformatics, Brisbane, Australia.Next-generation sequence analysis. Invited speaker
  10. 2012 May. Workshop: Individuals and groups, Indian Institute of Science, Almora, India.Tutorial: Introduction to the “logical method” of René Thomas, , with an emphasis on the role of feedback loops in biological networks.. Invited speaker
  11. 2012 May. Workshop: Individuals and groups, Indian Institute of Science, Almora, India.Relationship between topology and behaviour of molecular interaction networks. Invited speaker
  12. 2012 Feb. Molecular networks: from hardware to software and back, International Solvay Institutes, Brussels, Belgium.Deciphering genetic and epigenetic regulation in the era of massively parallel sequencing. Invited speaker
  13. 2011 Oct. INSERM workshop 211: High-throughput approaches in epigenomics, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale, Bordeaux, France.Motif discovery at the era of massive sequencing. Invited speaker
  14. 2011 Jun. The structure and dynamics of cellular regulatory networks, Fondation Les Treilles, Tourtour, France.From network topologies to systems behaviour: avoiding the mirages of large-sale network statistics. Invited speaker
  15. 2011 May. Annual Doctoral Day of the Graduate School in Statistics and Actuarial Sciences, Facultés Universitaires de Namur, Namur, Belgium.100 ways of detecting exceptional words in genomic sequences. Invited speaker
  16. 2010 Mar. INSERM workshop: “Interactomics : at the crossroads of biology and bioinformatics”, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale, Saint Raphaël, France.Bioinformatics approaches to analyze interaction networks. Invited speaker
  17. 2007 Feb. BioMagnet Kick-off meeting, Université de Liège, Liège, Belgique.Research activites of the Service des Conformation des Macromolécules Biologiques et de Bioinformatique. Invited speaker
  18. 2006 Apr. INSERM Workshop - Identification of non-coding functional regions in genomes, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale, La Londe les Maure, France.Pattern discovery in genomic sequences. Invited speaker
  19. 2006 Jan. Conférence PRO-A (Programme National sur les Maladies des OS et des Articulations), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale, Paris, France.Apport des nouvelles approches bio-informatiques et biostatistiques dans la recherche clinique - vers de possibles applications aux pathologies articulaires. Invited speaker
  20. 2005 Dec. Colloque LIX polytechnique, Ecole polytechnique, Paris, France.Inferring meaningful pathways in weighted metabolic networks. Invited speaker
  21. 2005 Nov. Cis-regulation workshop, European Bioinformatics Institute, Hinxton, UK.Evaluating predictions of cis-regulatory elements. Invited speaker
  22. 2005 Sep. Otto Warburg International Summer School and Workshop on Networks and Regulation, Zuse Institute Berlin (ZIB) , Berlin, Germany.Assessment of pattern detection approaches for the prediction of cis-regulatory elements. Invited speaker
  23. 2005 May. ESF Workshop on Transcription Networks: a global view, Madrid, Spain.Inferring meaningful pathways and functional distances in weighted metabolic networks. Invited speaker
  24. 2005 Apr. 2nd Barbados Workshop on Genomics and Gene Regulation, Barbados.Evaluation of pattern discovery results. Invited speaker
  25. 2004 Mar. Workshop on Regulatory Sequence Motif Discovery, MCB, Uppsala, Sweden.Random models for pattern discovery. Invited speaker
  26. 2001 Jul. Workshop on Bioinformatics and Genome Analysis, Ernst Schering Research Foundation, Berlin, Germany.Bioinformatics Approaches to Pathway Analysis. Invited speaker

Organization of scientific events

  1. 2016 Nov. 5ème Ecole de bioinformatique AVIESAN-IFB, ITMO Génétique, Génomique et Bioinformatique d’AVIESAN, Roscoff, France.Initiation au traitement des données de génomique obtenues par séquençage à haut débit. Organizer
  2. 2015 Sep. 4ème Ecole de bioinformatique AVIESAN, ITMO Génétique, Génomique et Bioinformatique d’AVIESAN, Roscoff, France.Initiation au traitement des données de génomique obtenues par séquençage à haut débit. Organizer
  3. 2014 Oct. 3ème Ecole de bioinformatique AVIESAN, ITMO Génétique, Génomique et Bioinformatique d’AVIESAN, Roscoff, France.Initiation au traitement des données de génomique obtenues par séquençage à haut débit. Organizer
  4. 2014 Jun. ALLBIO training workshop, Aix-Marseille Université, Marseille, France.Analysing thousands of bacterial genomes: gene annotation, metabolism, regulation. Organizer
  5. 2013 Nov. 2ème Ecole de bioinformatique AVIESAN, ITMO Génétique, Génomique et Bioinformatique d’AVIESAN, Roscoff, France.Initiation au traitement des données de génomique obtenues par séquençage à haut débit. Organizer
  6. 2013 Jan. Ecole de bioinformatique AVIESAN, ITMO Génétique, Génomique et Bioinformatique d’AVIESAN, Roscoff, France.Initiation au traitement des données de génomique obtenues par séquençage à haut débit. Co-organizer
  7. 2012 Mar. MICROME training workshop, Aix-Marseille Université, Marseille, France.Organizer
  8. 2012 Feb. Solvay Workshop “Molecular networks: from hardware to software and back”, International Solvay Institutes, Brussels, Belgium.Co-organizer
  9. 2011 Dec. INSERM Training Workshop 212: Bioinformatics approaches to decipher genome regulation. Phase II (practical), Université de Marseille-Méditerranée, Marseille, France.Organizer
  10. 2011 Oct. INSERM Training Workshop 212: Bioinformatics approaches to decipher genome regulation, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale, Bordeaux, France.Organizer
  11. 2009 Jan. 9th BioSapiens European School of Bioinformatics, Université Libre de Bruxelles, Brussels, Belgium.9th BioSapiens European School of Bioinformatics. Organizer

Invited seminars / Séminaires sur invitation

  1. 2013 May. Integrative Biomedical Sciences seminars, Fundação Calouste Gulbenkian, Lisboa, Portugal.Understanding regulatory networks in the era of massively parallel sequencing: did we lose the genetic switch?. Invited speaker
  2. 2013 Feb. Research Seminar, Centro de Ciencias Genomicas, Universidad Nacional Autonoma de Mexico, Cuernavaca, Mexico.Entender redes de regulación en la era de secuenciación masivamente paralela: Perdimos el “switch” genético?. Invited speaker
  3. 2012 Feb. CIML seminar, Centre d’Immunologie de Marseille Luminy, Marseille, France.Deciphering genetic and epigenetic regulation in the era of massively parallel sequencing. Invited speaker
  4. 2012 Jan. Integrative Biomedical Sciences seminars, Fundação Calouste Gulbenkian, Lisboa, Portugal.From network topologies to systems behaviour: avoiding the mirages of large-scale network statistics. Invited speaker
  5. 2010 May. Séminaire évolution, Université Paris VI, Gif-sur-Yvette, France.La puissante loi de la loi de puissance, et autres mythes en biologie des réseaux. Invited speaker
  6. 2009 Dec. Séminaire Math - évolution - génomes (MEG), Université Marseille Saint-Charles, Marseille, France.La puissante loi de la loi de puissance, et autres mythes en biologie des réseaux. Invited speaker
  7. 2007 Jul. , Technische Universität Dresden, Dresden, Germany.Inferring co-regulation networks from microbial genomes. Invited speaker
  8. 2007 Mar. Séminaire GIGA, Université de Liège, Liège, Belgique.Inferring co-regulation networks from microbial genomes. Invited speaker
  9. 2006 Nov. Seminar, Instituto de Biotechnologia, Cuernavaca, Mexico.Deteccion de huellas filogeneticas y inferencia de redes de co-regulation en genomas bacterianos.. Invited speaker
  10. 2006 Apr. Colloquium MAPA, Université Catholique de Louvain, Louvain-La-Neuve, Belgium.Applications de la théorie des graphes pour l’analyse des réseaux métaboliques. Invited speaker
  11. 2004 Mar. , Universitat de Valencia, Valencia, Spain.Prediction of regulatory elements by the analysis of non-coding sequences. Invited speaker
  12. 2004 Jan. , University of Gottingen, Gottingen, Germany.Classifying regulatory sequences on the basis of predicted signals. Invited speaker
  13. 2003 May. , Institut Henri Poincaré, Paris, France.Classifying genes on the basis of cis-acting regulatory elements. Invited speaker
  14. 2002 Nov. Séminaire “Langage du Génome”, IGM Orsay, Orsay, France.Analyse de séquences régulatrices - Détection de motifs et classification de gènes sur base de comptages de mots. Invited speaker
  15. 2002 Oct. , Institut de Recherche Interdisciplinaire en Biologie humaine et moléculaire, Bruxelles, Belgique.Inferring metabolic pathways from microarray data. Invited speaker
  16. 2002 May. , Institut Pasteur, Paris, France.Prédiction des éléments cis-régulateurs de levure par analyse des séquences non-codantes. Invited speaker
  17. 2002 Jan. , Génopole, Lille, France.Analyse des séquences régulatrices et des données d’expression. Invited speaker
  18. 2001 Sep. Séminaire Algorithmique et Biologie, Lyon, France.Prediction of transcriptional regulation by the analysis of non-coding sequences. Invited speaker
  19. 2001 Sep. Séminaire génopole, ESIL Marseille Luminy, Marseille, France.Détection d’éléments de régulation par analyse des séquences non-codantes. Invited speaker
  20. 2001 Jun. Séminaire génopole, Génopole, Evry, France.Détection d’éléments de régulation dans les séquences non-codantes. Invited speaker
  21. 2001 Jun. Séminaire génopole, Génopole, Evry, France.Représentation et analyse des fonctions biologiques au moyen d’aMAZE, une base de données d’interactions et de processus moléculaires. Invited speaker
  22. 2001 Mar. Réunion IMPG, ESIL Marseille Luminy, Marseille, France.Représentation et analyse de la fonction biologique au moyen d’une base de données d’interactions et de processus moléculaires. Invited speaker
  23. 2000 Mar. Séminaire Algorithmique et Biologie, Institut Pasteur, Paris, France.String-based approaches to pattern discovery in non-coding DNA sequences. Invited speaker

Conferences addressed to non-scientific audience / vulgarisation

  1. 2016 Jun. , Office parlementaire d’évaluation des choix scientifiques et technologiques, Paris, France.Epigénétique : une nouvelle logique du vivant. Invited speaker
  2. 2010 Sep. L’esprit d’aventure et le principe de précaution en sciences et en art, Académie Royale de Belgique, Bruxelles, Belgium.Estimation des risques et bénéfices des plantes transgéniques, en termes de durabilité, biodiversité et souveraineté alimentaire. Invited speaker
  3. 2009 Oct. 9ème journée thématique du Théâtre des Doms: “Darwin et la question des origines: un défi pour la pensée”, Théâtre des Doms, Avignon, France.Enjeux épistémologiques et sociétaux du débat évolution-créationnisme. Invited speaker
  4. 2009 Jun. Colloque “Cent cinquante ans après l’Origine des espèces : du darwinisme de Darwin à l’évolutionnisme contemporain”, Collège de France, Paris, France.Evolution de la régulation génomique: hiérarchies, rétroaction, modules et réseaux. Invited speaker
  5. 2009 Feb. Conférence pour enseignants du secondaire, Athénée Adolphe Max, Bruxelles, Belgique.Enjeux épistémologiques et sociétaux du débat Evolution-Créationnisme. Invited speaker
  6. 2008 Nov. Café scientifique “OGM : LE DEBAT’, Centre de Culture Scientifique, Parentville, Belgique.Invited speaker
  7. 2008 Aug. Rencontres écologiques d’été 2008, Etopia, Borzée, Belgique.OGMs : démanteler-refuser la simplification. Invited speaker
  8. 2007 Nov. Invité pour une séance du cours de sciences 5èmes et 6èmes secondaire professionnel et technique, Institut Communal Frans Fischer, Bruxelles, Belgique.Les profils génétiques. Invited speaker
  9. 2007 Sep. Journée BioForum - OGM : voie sans issue ou technologie d’avenir ?, BioForum Wallonnie, Gembloux, Belgique.Avantages et risques des OGM pour l’environnemental et la santé publique. Invited speaker
  10. 2007 Mar. Cycle de conférences “Dieu ou Darwin ?”, Centre de Culture Scientifique, Parentville, Belgique.Evolution: hasard ou intention ?. Invited speaker
  11. 2006 Apr. Conférence du CNCD - Politiques agricoles et droit à l’alimentation: les enjeux de la souveraineté alimentaire., Centre National de Coopération au Développement, Bruxelles, Belgique.Plantes transgéniques et développement : la multiplicité des enjeux. Invited speaker
  12. 2005 Oct. Conférence pour l’association d’histoire des sciences (ALTAIR), ULB, Bruxelles, Belgique.Des lois de Mendel aux plantes transgéniques. Invited speaker
  13. 2005 Apr. Invité pour une séance du cours de biologie 6ème secondaire, Athénée Royal Jean Absil, Bruxelles, Belgique.Organismes Génétiquement Modifiés. Invited speaker